針對保健品批準文號有什么含義的問題，還要從我國保健食品監管的歷程來看，從1996年開始，在這20多年的發展過程中，可大致劃分為4個階段：
一、原衛生部監管時期（1996-2003年）
二、原國家食品藥品監督管理局監管時期（2003-2013年）
三、原國家食品藥品監督管理總局監管時期（2013-2018年）
四、市場監管總局監管時期（2018年至今）
而在這四個階段中，對應的批準文號規則都不盡相同，下面為大家一一講解。
一、原衛生部監管時期：
a. 國產保健食品：
1. 從1996年開始，批準文號為：衛食健字（96）第***號
其中，96表示的是1996年中的“96”（即兩位數的年份）；“***” 表示3位阿拉伯數字的序號。如：
2. 從1997年1月1日開始，批準文號變成了：衛食健字[1997]第***號
其中，年份變為4位數（1997）且用中括號進行包裹，序號數還是3位阿拉伯數字。如：
b. 進口保健食品：
1. 1996年開始，批準文號為：衛進食字（96）第***號
2. 從1999年12月開始，變更為：衛食健進字[1999]第***號
特別說明，在此期間，第045號產品順序調整為4位數字，為：衛食健進字[1999]第0045號
c. 從2003年開始，相繼有：
1. 衛進食健字（2003）第0001號 —— 衛進食健字（2003）第0007號
2. 衛食健進字（2003）第0008號 —— 衛食健進字（2003）第0020號
3. 衛進食健字（2003）第0021號 —— 衛進食健字（2003）第0025號
二、原國家食品藥品監督管理局監管時期：
a. 國產保健食品
格式為：國 ｜食健字 ｜ G ｜2003 ｜ ****（如，0001）
其中，“國”表示：國家局；“食健字”表示：保健食品；“G”表示：國產；“2003”表示：年份；“****”：表示4位的序號數。
b. 進口保健食品
格式大致同國產保健食品，只是其中的“G”換成了“J”來表示進口。
三、原國家食品藥品監督管理總局監管時期：
在2016年頒布實施《保健食品注冊于備案管理辦法》之前，批準文號格式同之前不變。（同第二個階段）
之后，批號的前綴部分，變更為“國食健注”。
四、市場監管總局監管時期：
在這一時期，是保健食品注冊和備案“雙軌制”運行。所以：
a. 注冊批準文號：
1.國產：國 ｜ 食健注 ｜ G ｜ 4位年代號 ｜ 4位順序號。
2.進口：國 ｜ 食健注 ｜ J ｜ 4位年代號 ｜ 4位順序號。
b. 備案批準文號：
1.國產：食健備 ｜ G ｜ 4位年代號 ｜ 2位省級行政區域代碼 ｜ 6位順序編號
2.進口：食健備 ｜ J ｜ 4位年代號 ｜ 00 ｜ 6位順序編號